中国麻风皮肤病杂志 ›› 2022, Vol. 38 ›› Issue (6): 359-364.doi: 10.12144/zgmfskin202206359
贾秀娟1,乌日娜1,萨琦拉1,王百灵1,贺希格图1,特格喜白音2,郭靖雪3,齐宝鹏3,木其日1
JIA Xiujuan1, WU Rina1, SA Qila1, WANG Bailing1, HE Xigetu1, Tegexibaiyin2, GUO Jingxue3, QI Baopeng3, MU Qiri1
摘要: 目的:利用生物信息学技术筛选慢性自发性荨麻疹(CSU)的关键差异表达基因,为研究CSU的生物学机制与治疗靶点提供新的思路。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE72541数据集,使用R语言limma包筛选CSU组与健康对照组间的差异表达基因,并通过clusterProfiler R包、STRING在线软件、Cytoscape3.8.2软件的MCODE插件分别对差异表达基因的功能、通路富集与蛋白相互作用进行分析。结果:研究发现CSU组与健康对照组共有86个差异表达基因,其中上调基因64个,下调基因22个(|logFC|>1 & P.Val<0.05),GO分析显示,差异表达基因主要富集在血小板活化、血液凝固、中性粒细胞脱颗粒等生物过程;KEGG分析显示,主要与造血细胞系、移植物抗宿主病、金黄色葡萄球菌等相关。此外,建立的PPI网络筛选出62个节点及15个关键基因(CXCL10, MMP9, SELP, MME, ITGA2B, ITGB3, CLU, GP6, C5AR1, C6orf25, GP1BB, VWF, CR1, GP9, PLAU)。结论:ITGB3,ITGA2B,MMP9及CR1等基因可能与CSU的发病密切相关。